Помимо общей системы очистки/обеззараживания всей воды, и ХВО котельной воды, в таких учреждениях необходимы значительные количества обессоленной воды, используемой для приготовления инъекционных и инфузионных растворов, стерилизации и ополаскивания инструмента и посуды, заправки автоклавов, лабораторно-диагностических исследований и т.д. Ранее единственным методом обессоливания воды в больницах служил чрезвычайно энерго- и водоемкий метод дистилляции.

Особенное внимание уделяется при проектировании установок для этих объектов системам обеззараживания, рециркуляции воды, качеству используемых материалов и технологии монтажа трубопроводов.

В зависимости от степени изношенности существующих трубопроводов, наличия в них внутренних отложений и застойных зон в каждом конкретном случае рекомендуется определенная система обеззараживания.